Проблемы будут. Давайте скопируем в нашу конфигурацию отчет анализ счета по субконто.

А теперь попробуем запустить этот отчет. Будет очень много ошибок.

Это связано в тем, что большое количество переменных и функций определено в глобально модуле стандартной конфигурации. Смотрите на ошибку, например глРасшифровка не определена. А в стандартной конфигурации она в глобальном модуле.

Так вот что бы стандартный отчет появился нам надо все необходимые переменные и функции поместить в глобальном модуле нашей конфигурации. Вы должны проанализировать сообщения об ошибках и добавить их в глобальный модуль. И еще обратите внимание на переменную БухИтоги. Она инициализируется прямо в глобальном модуле.
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
// Инициализация переменных необходимых для стандартных отчетов
глФлагРасшифровки = 0;
глОбновить = 0;
БухИтоги = СоздатьОбъект("БухгалтерскиеИтоги");